El nombre de Isar proviene de la palabra Yessar, terreno abundante en mineral de yeso. En el municipio había explotaciones de este mineral.
Entra en la historia como lugar perteneciente a la jurisdicción del castillo de Mansilla en el acta fundacional del monasterio de San Salvador de Oña, el 12 de febrero de 1011. En 1068 Sancho II la agrega a la recién reconquistada diócesis de Oca.
Alfonso VI le concedió sus fueros a principios del s. XII y en 1187 Alfonso VIII la agrega al Monasterio de la Huelgas.
En el s. XIII formó parte de la merindad de Castrojeriz.
De su importancia histórica nos hablan los restos del ábside protogótico de la iglesia de los templarios, dedicada a San Pedro y sus dos importantes parroquias: San Martín y Sta. María, que se unieron en una en 1871.
Aquí establecieron los Manrique (Garcí Fernández Manrique) su déspota señorío al comenzar el s. XV, lo que fue «Cámara de los Manriques». Los vecinos fueron luchando por la liberación conseguida finalmente en 1558 gracias al cura beneficiario: Juanes Marín.
Aquí también nació el insigne artista religioso Saturnino López Gómez.